Введение. Овощные культуры, в том числе и томаты, являются основным источником витаминов, минеральных элементов, углеводов, пектиновых веществ, органических кислот, эфирных масел, фитонцидов и обладают высокой питательной ценностью. Культура томат, в Республике Марий Эл, как и другие овощные культуры в той или иной степени поражаются болезнями уже в рассадный период, а инфекционное начало многих болезней сохраняется в семенах. В результате отмечается большая гибель рассады томатов, снижается урожайность, ухудшается товарный вид и вкусовые качества продукции. Защита семян овощных культур, в том числе и томата от патогенных микроорганизмов является основным критерием для получения здоровой рассады и хорошего урожая. Применение средств защиты при обработке семян томата является наиболее эффективным методом защиты растений, а использование биологических препаратов – экологически целесообразным. Цель: изучить влияние предпосевной обработки биопрепаратами на видовой состав патогенных микроорганизмов семян томата. Материалы и методы. Исследования проводились лабораторными методами, объектом изучения были семена томата и биологические препараты. Результаты обсуждения. По результатам фитоэкспертизы на семенах томата был выявлен комплекс возбудителей фитопатогенных грибов из рр. Alternaria, Fusarium, Mucor, Rhizopus, Penicillium. Проведенные лабораторные исследования выявили, что при обработке семян томата препаратами с бактериальной основой в 2 раза снизился рост инфекции на посадочном материале, увеличилась лабораторная всхожесть семян и энергия прорастания. Заключение. Установлено, что видовой состав микрофлоры зерновой массы томата состоял из фитопатогенной микобиоты. Применение в предпосевной обработке семян биологических препаратов (Биоагро-БФ, Псевдобактерин-2 и Ризоплан) снизило в два раза инфекционный фон, при этом увеличились всхожесть и энергия прорастания семян.