Введение. Устойчивое функционирование как природных, так и антропогенных популяций базируется, прежде всего, на генофонде и поддерживается генетическим разнообразием. Коммерциализация отдель- ных пород определенно снижает биоразнообразие, поэтому необходим мониторинг состояния гетероген- ности. Целью исследования было изучение микроэволюционных процессов на примере формирования генофонда молочного скота для корректировки селекционного процесса. Объектом изучения были попу- ляции красно-пестрого крупного рогатого скота на территории Красноярского края. Объект, материа- лы и методы. Исходным материалом для проведения исследования были результаты тестирования образцов крови животных. Изучали иммуногенетические характеристики групп крови животных линий исходных пород и голштинизированных помесей F1 и F2. Генетическую структуру популяции исследовали по частотам антигенных факторов, частотам феногрупп. Результаты тестирования подвергались генетическому и математическому анализу для оценки состояния генетических систем в популяции, породе или селек- ционной группе животных (линии). Результаты исследования, обсуждения. Проведенная кластериза- ция наглядно демонстрирует высокую степень внутрипородного сходства исходной симментальской породы как на межлинейном, так и на межпопуляционном уровнях. В целом, по исследуемым популяциям, линейной консолидации не выявлено. Линейная дифференциация существует пока лишь на внутристад- ном уровне. Показаны методические подходы к построению дендрограмм. Заключение. Проведенное иссле- дование установило возможность использования ряда показателей для оценки меры меж- и внутрипородной дифференциации. Этот метод является одним из методов молекулярной таксономии и представляет ин- терес с точки зрения совершенствования методов селекции животных.